基本上没有啥关系，U-boot的话你也知道，说白了就像是Dos工具箱，本身算是个精简的Linux系统了，主要是负责硬件的初始化和引导，本身带有一些工具，作为引导程序，常作为嵌入式设备的引导。当真正的系统开始运行的时候U-boot就把管理权限交了出去。
Linux比较泛泛，大体来说就是一个操作系统，具有多个发行版本。大体就是这样。
uboot 是 Universal BootLoad 。一个就算是“通用”的启动代码载入器。
Linux 本身不能自己把自己读取到内存中并且运行，所以他需要一个 loader （载入器）读入内存并且运行。
uboot 类似台式机的 BIOS + grub 启动 Linux 的组合。
嵌入式系统因为构造很特殊，所以他的系统启动一般都是要在 nor flash （不是我们常见的 NAND flash 存储器，NOR flash 可以直接运行程序，NAND 不能直接运行程序，需要读取到内存运行，和 BIOS 很类似，nor flash 成本很高）。这个前期启动需要做一些初始化工作，以及因为环境限制，程序运行有很大的功能限制。这使得原本就不支持自己启动的 Linux 内核更需要一个 loader 来提供前期的准备，这就是 bootloader 的主要用处。
uboot 就是针对某个嵌入式环境特别编译特别准备的一级引导程序。用来初始化环境，并且读取启动 Linux 内核的东西。
当然一个在 Linux 内核启动之前就启动的 bootloader 不光有这些功能。不过主要的用处就是启动它后面的系统，不光是 Linux ，WinCE 也需要这么一个东西的。