1，底物的计算，计算其电荷，设置计算方法，读取的电荷一定是esp电荷，guassview可以查看
2，RTF的准备，编辑，细节很重要
3，PRM。这个可以去Charmm的gui网站上去试一下，具体操作访问Youtube的视频教程
4，体系的文件拆分，包括酶、水分子、底物。这些文件都要对齐格式，我就是因为这个错了好多次，每一列空格都要对应
5，修改inp。进行setup计算。查看log文件，出错就要进行修改。遇到没有读某一个PDB的时候就要查看原PDB文件，依次对应。