centos7 安装rstan （R）

install.packages("rstan") 安装失败

试开URL’https://mirrors.e-ducation.cn/CRAN/src/contrib/rstan_2.21.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1152008 bytes (1.1 MB)
==================================================
downloaded 1.1 MB

* installing *source* package ‘rstan’ ...
** 成功将‘rstan’程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** libs
Error in .shlib_internal(args) :
  C++14 standard requested but CXX14 is not defined
* removing ‘/usr/lib64/R/library/rstan’

下载的程序包在
    ‘/tmp/RtmpHaZKZK/downloaded_packages’里
更新'.Library'里的HTML程序包列表
Making 'packages.html' ... 做完了。
Warning message:
In install.packages("rstan") : 安装程序包‘rstan’时退出狀態的值不是0

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安装 步骤如下：

安装新版本gcc (Install gcc gcc-9.1.0)

centos7的预装gcc版本为4.8.5，刚好不满足rstan的最低要求。以下为gcc-9.1.0安装流程(一下流程会覆盖gcc，谨慎操作)：

### Install gcc gcc-9.1.0
wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-9.1.0/gcc-9.1.0.tar.gz
tar -xzvf gcc-9.1.0.tar.gz
cd gcc-9.1.0
./contrib/download_prerequisites
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/usr -enable-checking=release --enable--long-long--with-system-zlib -enable-languages=c,c++,fortran -disable-multilib
# 这样安装会覆盖原有gcc
make -j8  ## error
make install ## error
ldconfig -v

make[6]: *** [ios_locale.lo] 错误 1
make[6]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build/x86_64-pc-linux-gnu/libstdc++-v3/src/c++98”
make[5]: *** [all-recursive] 错误 1
make[5]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build/x86_64-pc-linux-gnu/libstdc++-v3/src”
make[4]: *** [all-recursive] 错误 1
make[4]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build/x86_64-pc-linux-gnu/libstdc++-v3”
make[3]: *** [all] 错误 2
make[3]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build/x86_64-pc-linux-gnu/libstdc++-v3”
make[2]: *** [all-stage1-target-libstdc++-v3] 错误 2
make[2]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build”
make[1]: *** [stage1-bubble] 错误 2
make[1]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build”
make: *** [all] 错误 2
您在 /var/spool/mail/root 中有邮件
(base) [root@ibiomed build]# make install
make[1]: 进入目录“/home/software/gcc-9.1.0/build”
/bin/sh ../mkinstalldirs /usr /usr
make[2]: 进入目录“/home/software/gcc-9.1.0/build/fixincludes”
make[2]: *** 没有规则可以创建目标“install”。 停止。
make[2]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build/fixincludes”
make[1]: *** [install-fixincludes] 错误 2
make[1]: 离开目录“/home/software/gcc-9.1.0/build”
make: *** [install] 错误 2
您在 /var/spool/mail/root 中有邮件

 

 

安装Rcpp和rstan (install Rcpp和rstan )

进入R，输入以下命令：

dotR = file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M = file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC", "CXX14=g++", file = M, sep = "\n", append = TRUE)
install.packages("Rcpp") # 很重要，必须保持一致性编译
Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j8")
install.packages("rstan", type = "source")
install.packages("ggstatsplot")

参考链接： https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux