4. EM算法-高斯混合模型GMM详细代码实现

1. EM算法-数学基础

2. EM算法-原理详解

3. EM算法-高斯混合模型GMM

4. EM算法-高斯混合模型GMM详细代码实现

5. EM算法-高斯混合模型GMM+Lasso

1. 前言

EM的前3篇博文分别从数学基础、EM通用算法原理、EM的高斯混合模型的角度介绍了EM算法。按照惯例，本文要对EM算法进行更进一步的探究。就是动手去实践她。

2. GMM实现

我的实现逻辑基本按照GMM算法流程中的方式实现。需要全部可运行代码，请移步我的github。

输入：观测数据(x_1,x_2,x_3,...,x_N)

对输入数据进行归一化处理

#数据预处理
def scale_data(self):
    for d in range(self.D):
        max_ = self.X[:, d].max()
        min_ = self.X[:, d].min()
        self.X[:, d] = (self.X[:, d] - min_) / (max_ - min_)
    self.xj_mean = np.mean(self.X, axis=0)
    self.xj_s = np.sqrt(np.var(self.X, axis=0))

输出：GMM的参数

1. 初始化参数

#初始化参数
def init_params(self):
    self.mu = np.random.rand(self.K, self.D)
    self.cov = np.array([np.eye(self.D)] * self.K) * 0.1
    self.alpha = np.array([1.0 / self.K] * self.K)

2. E步：根据当前模型，计算模型(k)对(x_i)的影响

[gamma_{ik}=frac{pi_kmathcal{N}(oldsymbol{x}|oldsymbol{mu}_k,oldsymbol{Sigma}_k)}{sum_{k=1}^Kpi_kmathcal{N}(oldsymbol{x}|oldsymbol{mu}_k,oldsymbol{Sigma}_k)} ]

#e步，估计gamma
def e_step(self, data):
    gamma_log_prob = np.mat(np.zeros((self.N, self.K)))
    for k in range(self.K):
        gamma_log_prob[:, k] = log_weight_prob(data, self.alpha[k], self.mu[k], self.cov[k])
    log_prob_norm = logsumexp(gamma_log_prob, axis=1)
    log_gamma = gamma_log_prob - log_prob_norm[:, np.newaxis]
    return log_prob_norm, np.exp(log_gamma)

3. M步：计算(mu_{k+1},Sigma_{k+1}^2,pi_{k+1})。

[n_k=sum_{i=1}^Ngamma_{ik} ]

[mu_{k+1}=frac{1}{n_k}sum_{i=1}^Ngamma_{ik}x_i ]

[Sigma_{k+1}^2=frac{1}{n_k}sum_{i=1}^Ngamma_{ik}(x_i-mu_k)^2 ]

[pi_{k+1}=frac{n_k}{N} ]

#m步，最大化loglikelihood
def m_step(self):
    newmu = np.zeros([self.K, self.D])
    newcov = []
    newalpha = np.zeros(self.K)
    for k in range(self.K):
        Nk = np.sum(self.gamma[:, k])
        newmu[k, :] = np.dot(self.gamma[:, k].T, self.X) / Nk
        cov_k = self.compute_cov(k, Nk)
        newcov.append(cov_k)
        newalpha[k] = Nk / self.N
    newcov = np.array(newcov)
    return newmu, newcov, newalpha

4. 重复2，3两步直到收敛

最后加上loglikelihood的计算方法。

• 基本的计算方法按照公式定义。

[L( heta) = sumlimits_{i=1}^m logsumlimits_{z^{(i)}}Q_i(z^{(i)})P(x^{(i)},z^{(i)}| heta);;;s.t.sumlimits_{z}Q_i(z^{(i)}) =1 ]

实现如下

def loglikelihood(self):
    P = np.zeros([self.N, self.K])
    for k in range(self.K):
        P[:,k] = prob(self.X, self.mu[k], self.cov[k])

    return np.sum(np.log(P.dot(self.alpha)))

但是这样的实现会有2个问题。

1. 非矩阵运算，速度慢。
2. 非常容易underflow，因为(P.dot(self.alpha))非常容易是一个很小的数，系统把它当作0处理。

• 使用以下(LogSumExp)公式进行改进，并且令(a_h = log(Q_i(z^{(i)}))+log(P(x^{(i)},z^{(i)}| heta)))，具体实现看github：

[log(sum_hexp(a_h)) = m + log(sum_hexp(a_h - m));;;m=max(a_h) ]

3. 总结

首先gmm算法会很容易出现underflow和overflow，所以处理的时候有点麻烦。但是(LogSumExp)能解决大部分这个问题。还有就是我的实现方式是需要协方差矩阵一定要是正定矩阵，所以我的代码中也做了处理。我们好想还不能够满足于最基础的GMM算法，所以在下一篇文章中我们要对GMM加入一个惩罚项，并且用对角矩阵的方式代替协方差矩阵。