其实MVC对框架对目录结构并没有什么要求，这里只是《keheng浅谈PHP中MVC框架》系列见解之一，也是为了后面的文章做基础。MVC告诉我们的是一个编程思想，一个思路，按这个思路我们可以更有效更快捷的开发我们的WEB产品，维护WEB产品，但我们必须要养成一个好的习惯，一个好的程序员都会有一个好的习惯和清晰的思路，大型网站开发不仅需要你自己看得懂结构，还需要别人也能看得懂结构。我这里说的只是给我们所需要文件一个具体的存放位置，从而提高我们的工作效率。
每个人都有每个人的习惯，按照keheng个人的习惯，做一个企业网站，keheng一般会在准备工作前就把目录结构建设完成，主要分以下结构
Command
Lib
Model
Controller
Templates
catch
Admin
Public
CSS
Images
Database
Js
plugins
Videos
UploadFiles
2012-05-25
2012-05-26
Project
专题名称
Downloads
下载分类
install
转载请注明出处：http://www.cnblogs.com/keheng/archive/2012/05/25/2517599.html 作者：[九狐科技]keheng
一般情况下我是按这样的一个分类去进行，当然你也可以自己做一个分类，最主要的是能一目了然，知道每个目录的作用，存放的内容。
1.核心
Command 这里主要用来存放网站的核心部分，所有的命令文件
Lib 库文件，封装类
Model 模型文件，要修改网站修改的主要内容之一
Controller 控制器文件，虽然一般只会存放一个文件，但必竞属于一个核心文件
Templates 视图文件，包括前台与后台，网站修改的主要内容之一
Catch 缓存文件，可以以xml或PHP型式存在。
2.公共应用库
Public 这是一个公共应用库
CSS CSS样式文件
Images 界面所需要的图片，里面可以进行分小类，如前台，后台，专题等。
Database 这里说的只是SQL或ACCESS数据库存放地方,为了安全可以改其它
Js JS应用库
Plugins 插件应用库 包括editor等
3.其它
其它的部分包括有下载（downloads），视频（Videos），上传（UploadFiles），专题（Project），后台（admin）等。当然，为了安全你也可以设置为其它的文件名称或结构，但在程序中设置系统目录的时候注意修改即可。
其实真正我们在制作过程中需要的文件主要是command文件夹，备份的时候也需要备份这一个文件夹即可。出了问题的时候我们只需要到相应的目录下找相应的文件。
以上只是个人看法，望高人指点。