参考：http://www.cnblogs.com/jianglan/archive/2012/02/28/2371064.html
我的理解：
1.新建网站，将网站发布到服务器或虚拟主机上，既可以选择发布网站，也可以直接将编译好的网站上传到主机上，就可以运行了。而且，修改代码后，只需要将对应的页面上传覆盖就行（采用不发布的方法）。
2.新建web应用程序，需要发布网站，然后上传服务器或主机。修改代码后需重新发布。
3.新建网站适合中小网站，新建web应用程序适合大中网站。
4.其它可以参考链接博客，不叙述了。。。
在贴上其它论坛找到的答案：
都是设计网页的。
都可以添加ASP.Net文件夹
web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web网站Default.aspx显示有一个原有文件Default.aspx.cs。
web应用程序有重新生成和发布两项；Web网站只有一个发布网站。
web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等；Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。
web应用程序可以作为类库被引用；Web网站则不可以作为类库被引用。
web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code；Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。
web应用程序还可添加组件和类；Web网站则没有。
源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间，多了一项System.Collections空间引用。
Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译
网站不需要重新编译
网站可以添加APS文件夹，Web应用程序不可以
Web应用程序的项目会生成Dll文件
网站在发布的时候，会自动生成Dll文件，但是每次的Dll文件名都不一样
Web应用程序会有解决方案和项目文件
Web应用程序在打开的时候会将所有项目都编译，所以说一开始打开一个Web应用程序会比较慢，但是之后的运行就比较快了
网站是在访问每一个页面的时候对这个页面进行编译，所以说访问每个页面的速度都差不多