自定义算子高性能开发
在计图中，一共有三种方法来开发自定义的算子:
- 使用元算子进行组合。
- 使用Code算子开发自定义算子。
- 使用计图编译器编译自定义的模块和custom op。
其中，元算子开发是最为简单的， 但不免有些情况存在元算子表达能力不足。可以使用Code算子进行开发，Code算子在保持了开发的便捷性，还具有很高的可定制性和性能。和方法3相比，Code算子的开发更加简单，非常适合用户构建模型中的创新算子。
本文主要介绍Code算子，关于元算子和自定义模块，参考文档：
Code算子是一个基于高性能语言的动态编译算子，允许用户直接在Python中内联C++/CUDA代码，只需要寥寥数行代码，就可以完成高性能的自定义算子开发，降低用户开发自定义算子的难度。
Code 算子的输入参数
使用Python的help命令（help(jt.code)），可以看到文档如下：
@param[in] shape 输出的形状, a integer array
@param[in] dtype 输出的数据类型
@param[in] inputs 一个计图变量数组
@param[in] cpu_src CPU前向代码字符串，内建变量包括:
* in{x}, in{x}_shape{y}, in{x}_stride{y}, in{x}_type, in{x}_p, @in0(...)
* out{x}, out{x}_shape{y}, out{x}_stride{y}, out{x}_type, out{x}_p, @out0(...)
* out, out_shape{y}, out_stride{y}, out_type, out_p, @out(...)
@param[in] cpu_header CPU头文件字符串
@param[in] cuda_src CUDA 前向代码字符串，和上述参数具有同样的内建变量。
@param[in] cuda_header CUDA头文件字符串。
可以看到，用户需要提供Code算子的输入，输出的形状和类型，以及对应的代码。计图会通过编译缓存器，让相同的代码只编译一次。如果希望最大化Code算子的性能，尽量保证Code算子的代码不会出现过多变种。在Code算子的代码中，用户可以使用内建变量，访问计图的变量。下面将用若干个实例，来介绍Code算子的使用。
实例1：CPU算子以及导数
下面的实例中，首先生成了一个随机的长度为10的变量a，然后计算了$2a^2$ 和对应的导数$4a$，在这个例子中使用了@out, @in0，这种C++中没有的语法，这种语法目的是给用户提供方便的访问计图变量的接口。这种语法在后端会被翻译成C++可以识别的语法。
from jittor import Function
import jittor as jt
class Func(Function):
def execute(self, x):
self.save_vars = x
return jt.code(x.shape, x.dtype, [x],
cpu_src='''
for (int i=0; i<in0_shape0; i++)
@out(i) = @in0(i)*@in0(i)*2;
''')
def grad(self, grad_x):
x = self.save_vars
return jt.code(x.shape, x.dtype, [x, grad_x],
cpu_src='''
for (int i=0; i<in0_shape0; i++)
@out(i) = @in1(i)*@in0(i)*4;
''')
a = jt.random([10])
func = Func()
b = func(a)
print(b)
print(jt.grad(b,a))
实例2：使用stl和alias
下面的实例中，实现了一个简单的排序算法，演示了如何使用C++算法库中排序算法，以及使用别名alias来增加代码的可读性。
a = jt.array([3,2,1])
b = jt.code(a.shape, a.dtype, [a],
cpu_header="""
#include <algorithm>
@alias(a, in0)
@alias(b, out)
""",
cpu_src="""
for (int i=0; i<a_shape0; i++)
@b(i) = @a(i);
std::sort(&@b(0), &@b(in0_shape0));
"""
)
assert (b.data==[1,2,3]).all()
实例3：多输出的Code算子
在某些情况下，算子可能有多个输出，在这个实例中，演示了如何设置多输出。该算子输入为一维向量，输出为两个长度为1的向量，分别是最小值和最大值。
同之前实例不同的地方是，原来传入单个shape和dtype，这里传入的是一个shape数组和dtype数组。同时还在这个实例中演示了如何使用cout。
a = jt.array([3,2,1])
b,c = jt.code([(1,), (1,)], [a.dtype, a.dtype], [a],
cpu_header="""
#include <iostream>
using namespace std;
""",
cpu_src="""
@alias(a, in0)
@alias(b, out0)
@alias(c, out1)
@b(0) = @c(0) = @a(0);
for (int i=0; i<a_shape0; i++) {
@b(0) = std::min(@b(0), @a(i));
@c(0) = std::max(@c(0), @a(i));
}
cout << "min:" << @b(0) << " max:" << @c(0) << endl;
"""
)
assert b.data == 1, b
assert c.data == 3, c
实例4：动态大小的输出
在某些情况下，算子的输出的大小可能是会变化的，比如把输入中大于0和小于等于0的数，分别紧密排列在两个向量中。下面的实例就实现了这样一个算子。
可以发现下面的数组的输出形状被设置成了负数，这是计图的特殊机制，传入负数代表这个数组的大小是不确定的，负数的绝对值，代表了这个维度最大上限。需要注意的是，动态大小只能在第一维度出现，而且在算法最后结束的时候，需要使用set_shape来设置确定的形状。
a = jt.array([5,-4,3,-2,1])
# negtive shape for max size of vary dimension
b,c = jt.code([(-5,), (-5,)], [a.dtype, a.dtype], [a],
cpu_src="""
@alias(a, in0)
@alias(b, out0)
@alias(c, out1)
int num_b=0, num_c=0;
for (int i=0; i<a_shape0; i++) {
if (@a(i)>0)
@b(num_b++) = @a(i);
else
@c(num_c++) = @a(i);
}
b->set_shape({num_b});
c->set_shape({num_c});
"""
)
assert (b.data == [5,3,1]).all()
assert (c.data == [-4,-2]).all()
综合实例5：使用Code算子实现三维点云K近邻查找
下面的实例展示了如何使用code算子，使用数行代码实现三维点云中十分常用的K近邻查找。Code算子的设计和实现，让用户既可以享受到Python语言的便捷与易用性，又可以获得高性能语言的性能。
可以留意到，在计图的Code算子中，可以使用openmp实现自动并行化的，关于openmp的使用，可以参考openmp文档。
a = jt.random((n,3))
b = jt.code([n, k], "int32", [a],
cpu_header="#include <algorithm>",
cpu_src="""
using namespace std;
auto n=out_shape0, k=out_shape1;
// 使用openmp实现自动并行化
#pragma omp parallel for
for (int i=0; i<n; i++) {
// 存储k近邻的距离和下标
vector<pair<float,int>> id(n);
for (int j=0; j<n; j++) {
auto dx = @in0(i,0)-@in0(j,0);
auto dy = @in0(i,1)-@in0(j,1);
auto dz = @in0(i,2)-@in0(j,2);
id[j] = {dx*dx+dy*dy+dz*dz, j};
}
// 使用c++算法库的nth_element排序
nth_element(id.begin(),
id.begin()+k, id.end());
// 将下标输出到计图的变量中
for (int j=0; j<k; j++)
@out(i,j) = id[j].second;
}"""
)
将计图使用code算子实现的K近邻查找，和PyTorch的算子用时进行比较，速度对比如下（k=10,点云数量n=[100,1000,10000]）：
|
参数 |
n=100 |
n=1000 |
n=10000 |
|
PyTorch |
433 µs |
7.6 ms |
623 ms |
|
Jittor |
68 µs |
5.9 ms |
484 ms |
|
速度对比 |
6.4X |
1.29X |
1.29X |
注：此处使用的K近邻算法为暴力算法，还存在更优的算法实现，由于文章篇幅有限，此处仅用于展示Code算子的使用。
实例6：使用CUDA进行加速
在这个实例中，使用CUDA实现了简单的两个2维向量相乘。并且反向传播对应的导数。
这个实例与之前的区别，定义了CUDA kernel，这需要用户有一定的CUDA基础。这里面的@ARGS_DEF，@ARGS分别是CUDA kernel函数的参数声明和参数传递，而@PRECALC包含了计图预处理内核的代码。除此之外，其他语法和CUDA保持高度一致。
import jittor as jt
from jittor import Function
jt.flags.use_cuda = 1
class Func(Function):
def execute(self, a, b):
self.save_vars = a, b
return jt.code(a.shape, a.dtype, [a,b],
cuda_src='''
__global__ static void kernel1(@ARGS_DEF) {
@PRECALC
for (int i=blockIdx.x; i<in0_shape0; i+=gridDim.x)
for (int j=threadIdx.x; j<in0_shape1; j+=blockDim.x)
@out(i,j) = @in0(i,j)*@in1(i,j);
}
kernel1<<<32, 32>>>(@ARGS);
''')
def grad(self, grad):
a, b = self.save_vars
return jt.code([a.shape, b.shape], [a.dtype, b.dtype], [a, b, grad],
cuda_src='''
__global__ static void kernel2(@ARGS_DEF) {
@PRECALC
for (int i=blockIdx.x; i<in0_shape0; i+=gridDim.x)
for (int j=threadIdx.x; j<in0_shape1; j+=blockDim.x) {
@out0(i,j) = @in2(i,j)*@in1(i,j);
@out1(i,j) = @in2(i,j)*@in0(i,j);
}
}
kernel2<<<32, 32>>>(@ARGS);
''')
a = jt.random((100,100))
b = jt.random((100,100))
func = Func()
c = func(a,b)
print(c)
print(jt.grad(c, [a, b]))
综合实例7：实现可以同时在GPU和CPU上运行的Pool算法
注：计图内部已经实现了Pool，用户不需要自己实现
import jittor as jt
from jittor import Function
jt.flags.use_cuda = 1
class Func(Function):
def execute(self, x):
out = jt.code([N,C,h,w], x.dtype, [x],
cuda_src=f'''
__global__ static void kernel1(@ARGS_DEF) {{
@PRECALC
int p3 = threadIdx.x;
int s3 = blockDim.x;
int p2 = threadIdx.y + blockIdx.x * blockDim.y;
int s2 = blockDim.y * gridDim.x;
int i1 = blockIdx.y;
int i0 = blockIdx.z;
for (int i3 = p3; i3 < out_shape3; i3 += s3)
for (int i2 = p2; i2 < out_shape2; i2 += s2) {{
int k3 = i3*{stride}-{padding};
int k2 = i2*{stride}-{padding};
int k3_ = min(k3 + {kernel_size}, in0_shape3);
int k2_ = min(k2 + {kernel_size}, in0_shape2);
k3 = max(0, k3);
k2 = max(0, k2);
@out(i0, i1, i2, i3) = @in0(i0, i1, k2, k3);
for (int p = k2; p < k2_; ++p)
for (int q = k3; q < k3_; ++q)
@out(i0, i1, i2, i3) = {op}(@out(i0, i1, i2, i3), @in0(i0, i1, p, q));
}}
}}
int tx = min(1024, out_shape3);
int ty = min(1024 / tx, out_shape2);
int bx = (out_shape2 - 1) / ty + 1;
int by = out_shape1;
int bz = out_shape0;
dim3 s1(bx, by, bz);
dim3 s2(tx, ty);
kernel1<<<s1, s2>>>(@ARGS);
''',
cpu_src=f'''
for (int i0=0; i0<out_shape0; i0++)
for (int i1=0; i1<out_shape1; i1++)
for (int i2=0; i2<out_shape2; i2++)
for (int i3=0; i3<out_shape3; i3++) {{
int k2 = i2*{stride}-{padding};
int k3 = i3*{stride}-{padding};
int k2_ = std::min(k2 + {kernel_size}, in0_shape2);
int k3_ = std::min(k3 + {kernel_size}, in0_shape3);
k2 = std::max(0, k2);
k3 = std::max(0, k3);
@out(i0, i1, i2, i3) = @in0(i0, i1, k2, k3);
for (int p = k2; p < k2_; ++p)
for (int q = k3; q < k3_; ++q)
@out(i0, i1, i2, i3) = std::{op}(@out(i0, i1, i2, i3), @in0(i0, i1, p, q));
}}
''')
self.save_vars = x, out
return out
def grad(self, grad_x):
x, pout = self.save_vars
return jt.code(x.shape, x.dtype, [x, pout, grad_x],
cuda_header=f'''
@alias(pout, in1);
''',
cuda_src=f'''
__global__ static void kernel3(@ARGS_DEF) {{
@PRECALC
int p3 = threadIdx.x;
int s3 = blockDim.x;
int p2 = threadIdx.y + blockIdx.x * blockDim.y;
int s2 = blockDim.y * gridDim.x;
int i1 = blockIdx.y;
int i0 = blockIdx.z;
for (int i3 = p3; i3 < pout_shape3; i3 += s3)
for (int i2 = p2; i2 < pout_shape2; i2 += s2) {{
int k3 = i3*{stride}-{padding};
int k2 = i2*{stride}-{padding};
int k3_ = min(k3 + {kernel_size}, in0_shape3);
int k2_ = min(k2 + {kernel_size}, in0_shape2);
k3 = max(0, k3);
k2 = max(0, k2);
int bo=1;
for (int p = k2; p < k2_ && bo; ++p)
for (int q = k3; q < k3_ && bo; ++q) {{
if (@pout(i0,i1,i2,i3) == @in0(i0,i1,p,q)) {{
atomicAdd(&@out(i0,i1,p,q), @in2(i0,i1,i2,i3));
bo=0;
}}
}}
}}
}}
cudaMemsetAsync(out_p, 0, out->size);
int tx = min(1024, pout_shape3);
int ty = min(1024 / tx, pout_shape2);
int bx = (pout_shape2 - 1) / ty + 1;
int by = pout_shape1;
int bz = pout_shape0;
dim3 s1_(bx, by, bz);
dim3 s2_(tx, ty);
kernel3<<<s1_, s2_>>>(@ARGS);
''',
cpu_src=f'''
@alias(pout, in1);
for (int i=0; i<out_shape0; i++)
for (int j=0; j<out_shape1; j++)
for (int k=0; k<out_shape2; k++)
for (int l=0; l<out_shape3; l++) @out(i,j,k,l) = 0;
for (int i0=0; i0<pout_shape0; i0++)
for (int i1=0; i1<pout_shape1; i1++)
for (int i2=0; i2<pout_shape2; i2++)
for (int i3=0; i3<pout_shape3; i3++) {{
int k3 = i3*{stride}-{padding};
int k2 = i2*{stride}-{padding};
int k3_ = std::min(k3 + {kernel_size}, in0_shape3);
int k2_ = std::min(k2 + {kernel_size}, in0_shape2);
k3 = std::max(0, k3);
k2 = std::max(0, k2);
int bo=1;
for (int p = k2; p < k2_ && bo; ++p)
for (int q = k3; q < k3_ && bo; ++q) {{
if (@pout(i0,i1,i2,i3) == @in0(i0,i1,p,q)) {{
@out(i0,i1,p,q) += @in2(i0,i1,i2,i3);
bo=0;
}}
}}
}}
''')
N,C,H,W = [2,10,100,100]
stride = 2
padding = 0
kernel_size = 3
op = "max"
x = jt.random((N,C,H,W))
h = (H+padding*2-kernel_size)//stride+1
w = (W+padding*2-kernel_size)//stride+1
func = Func()
out = func(x)
print(out)
print(jt.grad(out, x))