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  • 如何利用R包qqman画曼哈顿图?

    如何利用R包qqman画曼哈顿图?

    2017-07-10 lili 生信人

      众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman

    install.packages(“qqman”)  # 安装包

    library(“qqman”)  #加载包

    data(package=“qqman”)  # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据

    View(gwasResults)  #查看 gwasResult的数据格式

    head(snpsOfInterest)#查看 snpsOfInterest的数据格式

    ---------------------------

    1.数据格式。

     

    文件命名为gwasResults

    表头依次是SNP(snp名称,字符型,命名时以“rs”开头),CHR(染色体编号,整型),BP(碱基位置,整型),P(数值型)

    2.snpsOfInterest

     

    文件中是需要高亮的snp位点

    3. 参数说明

     

    x: 输入数据

    col: 定义x轴染色体的颜色 

    chrlabs:自定义染色体标号

    suggestiveline: 添加一条横线,默认值是-log10(1e-5)

    genomewideline: 添加一条横线,默认值是-log10(5e-10)

    highlight: 需要标亮的snp位点

     

    4.画图

    Library(“qqman”)

    manhattan(gwasResults)####出现下图

    manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))

    #####出现下图

    当需要单独画某一条染色体时:

    manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出现下图

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7884421.html
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