ClientScript.RegisterStartupScript：
http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/system.web.ui.clientscriptmanager.registerstartupscript(v=vs.80)
ClientScript.RegisterClientScriptBlock：
http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/system.web.ui.clientscriptmanager.registerclientscriptblock(v=vs.80).aspx
Response.Write 与 Page.ClientScript.RegisterStartupScript 与 Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock 之间的区别
方法1，使用Response.Write，这种方法会把JS代码写在页面的最顶部(<html>的前面)：
System.Web.HttpContext.Current.Response.Write("<script language=javascript>alert('JS代码');</script>");
方法2，使用RegisterStartupScript，这种方法会把JS代码嵌入在页面的底部、表单的最后 (</form>前面)，适用于要在页面控件加载完成后运行的JS代码 ：
System.Web.UI.Page page = (System.Web.UI.Page)System.Web.HttpContext.Current.Handler;
if (!page.ClientScript.IsStartupScriptRegistered(page.GetType(),"clientScript"))
page.ClientScript.RegisterStartupScript(page.GetType(), "clientScript", "<script language=javascript>alert('JS代码');</script>");
方法3，使用RegisterClientScriptBlock，这种方法会把JS代码嵌入在页面的顶部、表单的最前 (<form>后面)，适用于要在控件加载前执行的JS代码，类似于上面的Response.Write方式 ：
System.Web.UI.Page page = (System.Web.UI.Page)System.Web.HttpContext.Current.Handler;
if (!page.ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered(page.GetType(),"clientScript"))
page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(page.GetType(), "clientScript", "<script language=javascript>alert('JS代码');</script>");
那么，方法2和方法3之间有何不同呢？主要区别在于，RegisterStartupScript 方法是将 JavaScript 嵌入到 ASP.NET 页面的底部，恰好位于关闭元素 </form> 的前面。RegisterClientScriptBlock 方法是将 JavaScript 嵌入到页面中开启元素 <form> 的紧后面。那么，这有何不同呢？正如我们将要看到的，这有很大的不同。
就此列举一例，以下是在页面加载到浏览器时，将焦点置于该页面上的一个文本框中的方法 - 使用利用了 RegisterStartupScript 方法的 Visual Basic：
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(Me.GetType(), "Testing", _ "document.forms[0]['TextBox1'].focus();", True)
由于在浏览器运行到页面底部并执行此小段 JavaScript 时，就已生成了页面上的文本框，并已将其放到了页面中，因此，此方法运行正常。但是，如果不按照上述方法，而编写如下代码（使用 RegisterClientScriptBlock 方法）：
Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Me.GetType(), "Testing", _ "document.forms[0]['TextBox1'].focus();", True)
文本框控件将不会获得焦点，且会在页面上生成一个 JavaScript 错误
更详细参考：http://www.cnblogs.com/zhuawang/archive/2007/09/04/881107.html
http://www.cnblogs.com/return8023/archive/2012/04/30/2476670.html