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  • C语言 fastq文件转换为fasta文件2

    修改可读取压缩格式文件

     1 #include <stdio.h>
     2 #include <stdlib.h>
     3 #include <string.h>
     4 #include <zlib.h>
     5 
     6 #define RLEN 1024
     7 
     8 static void getfq(char *fq);
     9 
    10 int main(int argc, char *argv[]){
    11 
    12     if(argc!=2){
    13         fprintf(stderr,"	usage: %s fastq[.gz]
    ",argv[0]);
    14         exit(-1);
    15     }
    16     getfq(argv[1]);
    17     exit(0);
    18 }
    19 
    20 static void getfq(char *fq){
    21 
    22     gzFile fp1=gzopen(fq,"r"); 
    23     char fline[RLEN]; 
    24     char read[4][RLEN]; 
    25     char *r=NULL; 
    26 
    27     while(fp1 != NULL){    
    28         for(int i=0; i<4; i++){
    29             r=gzgets(fp1,fline,RLEN);
    30             if(r != NULL){
    31                 strcpy(read[i],fline);
    32             }
    33             else{ // EOF
    34                 goto LoopOut;
    35             }
    36         }
    37         for(int i=0; i<4; i++){
    38             if(i==0){
    39                 memcpy(read[i],">",1);
    40                 fprintf(stdout,"%s",read[i]);
    41             }
    42             else if(i==1){
    43                 fprintf(stdout,"%s",read[i]);
    44             }
    45             else{
    46                 continue;
    47             }
    48         }
    49     }
    50     LoopOut:
    51         free(r); 
    52         r=NULL;
    53         gzclose(fp1);
    54 
    55     return;
    56 }
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