以管理员身份运行Nios，选择Workspace，如下图所示：
点击OK。进入后点击File->New->Nios Ⅱ Application and BSP from Template，如下图所示，在SOPC Information File name中选择工程目录下的nioscpu.sopcinfo，Project name选择mcu，Templates选择Blank Project，点击Next，接下去按默认设置，点击Finish。
在mcu中新建一个Source File(右击mcu，点New，再点Source File)，名字设为main.c，如下图所示，点击Finish。
在新建的main.c中输入如图所示的代码，然后点击Project->Build All，等待一会儿编译完成。
接下来就轮到黑金开发板上阵了。首先将USB Blaster一端与电脑连接，另一端跟开发板的JTAG口连接，然后上电（切记：不能在上电的情况下插拔JTAG口，以免JTAG口烧损）。
首先，我们需要将.sof文件下载到FPGA中。在Quartus中，点击Programmer，如图
，然后点击Add File…，将led.sof加入到下载界面中，如下图所示。然后点击Start，开始下载。下载完之后，如下图所示，
然后，我们对程序进行在线仿真。在Nios软件的Project Explorer中右击mcu，选择Run As—>Nios Ⅱ Hardware，等待一段时间后出现下图所示情况，同时看到开发板上的LED欢快地跑起来了。
我们的流水灯实验到此就结束了，最后来说明一下程序固化的方法（之前下载的程序掉电就丢失了）。
在Nios中点击标题栏上的Nios Ⅱ—>Flash Programmer，出现如下图所示的界面，
点击File—>New…，在BSP Settings File name中如下图设置，
点击OK，如下图所示，
点击中间右边的Add…，加入如下图所示的文件，
点击右上角的Connections，如下图所示，点击Refresh Connections，再点击Close。
最后点击右下角Start，等待烧写完毕，如下图所示，
然后我们将开发板的电源关闭再打开，可以看到，流水灯继续欢快地跑着，说明程序固化成功了，至此，大功告成。