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  • perl 模块的创建以及制定perl 模块的路径

    1) perl 模块的创建

    perl 模块的后缀名为.pm, 其中的内容和一般的perl脚本相同, perl模块中通常放置可重用的函数以及变量,

    比如创建一个fasta.pm,里面包含一个统计fasta序列中gc碱基个数的方法:

     1 #/usr/bin/perl 
     2 package fasta;
     3 use warnings;
     4 use strict;
     5 
     6 sub run {
     7     my $seq = shift;
     8     return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;
     9 
    10 }    
    11 
    12 1;

    然后写一个脚本检测一下该模块是否起作用:

    #!/usr/bin/perl 
    use fasta;
    
    my $seq = qq{ATCGCTACGACG};
    
    my $gc = fasta::run($seq);
    
    print qq{$gc
    };

    运行该脚本,输出结果为7, 可以看出结果确实是GC碱基的个数;

    这个测试的脚本和fasta.pm 是放在同一个目录下的, 当脚本和模块放置在不同的目录时,

    为了使用该模块, 就必须指定模块所在目录;

    2) 指定perl模块目录

    比如fasta.pm 所在目录为/home/xudl/perl

    第一种方式: 设置环境变量PERL5LIB,

    在~/.bashrc 中添加

    export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

    然后source ~/.bashrc 使这个新修改的环境变量生效即可;  

    第二种方式, 在脚本中使用use lib

    use  lib "/home/xudl/perl";

    然后就可以使用

    use fasta;

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5063624.html
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